包頭醫(yī)學(xué)院創(chuàng)建于1958年,是新中國在少數(shù)民族地區(qū)較早建立的普通高等醫(yī)學(xué)院校之一,是內(nèi)蒙古自治區(qū)直屬本科院校,面向全區(qū)招生。
1959年包頭衛(wèi)生學(xué)校(合署)、包頭市第二醫(yī)院、包頭市制藥廠并入包頭醫(yī)學(xué)院。

1958年包頭衛(wèi)生學(xué)校創(chuàng)建。
1959年包頭市第一醫(yī)院并入包頭醫(yī)學(xué)院。
1959年包頭醫(yī)學(xué)院(第二附屬醫(yī)院)獨立,并更名為包頭市第二醫(yī)院。

1961年內(nèi)蒙古衛(wèi)生干部進修學(xué)院并入(合署)包頭醫(yī)學(xué)院。
1957年內(nèi)蒙古自治區(qū)衛(wèi)生干部進修學(xué)校停辦。
1960年內(nèi)蒙古醫(yī)學(xué)院(蒙醫(yī)專業(yè))、內(nèi)蒙古自治區(qū)中蒙醫(yī)醫(yī)院、內(nèi)蒙古自治區(qū)中蒙醫(yī)研究所并入內(nèi)蒙古自治區(qū)衛(wèi)生干部進修學(xué)院。
1961年呼和浩特醫(yī)學(xué)??茖W(xué)校(資源)并入內(nèi)蒙古自治區(qū)衛(wèi)生干部進修學(xué)院。
1961年內(nèi)蒙古自治區(qū)衛(wèi)生干部進修學(xué)院(原內(nèi)蒙古醫(yī)學(xué)院蒙醫(yī)專業(yè)部分)、內(nèi)蒙古自治區(qū)中蒙醫(yī)醫(yī)院、內(nèi)蒙古自治區(qū)中蒙醫(yī)研究所并入內(nèi)蒙古醫(yī)學(xué)院。
2004年12月,又經(jīng)內(nèi)蒙古自治區(qū)人民政府批準(zhǔn),內(nèi)蒙古科技大學(xué)分為三個具有獨立法人資格的辦學(xué)實體,原包頭醫(yī)學(xué)院更名為內(nèi)蒙古科技大學(xué)包頭醫(yī)學(xué)院。
2008年遷地新校區(qū),接受教育部本科教學(xué)工作水平評估結(jié)果為優(yōu)秀。
2009年包頭衛(wèi)生學(xué)校并入內(nèi)蒙古科技大學(xué)(包頭醫(yī)學(xué)院)。